开局还是典范的宝可梦三选一，主推选择润水鸭前期过渡特别舒服，只有在挑战草系道馆时相对棘手需要运用备用宝可梦出战。在大全球中存在很多可拾取物品，其中精灵球有光柱提示特别容易发现，除此之外在地面上还能看到一些小闪光点，站在闪光处按A键会自动捡道具。没事做的时候可以在地面上多逛逛，能够不收费拾取大量道具。本作添加了自动恢复功能，打开队伍界面按减号键就会自动运用道具恢复。道具的消耗顺序会从低到高，日常寻觅就开自动恢复，战斗时就尽量运用一次性回满的道具。

选完宝可梦之后会碰到妮莫，在之后的旅程中会一直引导玩家。按R键可以将宝可梦从精灵球中释放出来跟随玩家，接着对着野生宝可梦按R键就会自动开始战斗，根据敌人的强度宝可梦会自动扣血，战斗胜利之后得到少量经验提高。这种方法在扫图时特别方便，某些独特宝可梦也需要跟随玩家走到一定步数之后才能进化。按B键进入潜行情形，此时加上ZL键就能够瞄准，要是在野生宝可梦未察觉情形下按ZR键投球就能偷袭它们。被偷袭的宝可梦在第一回合没办法行动，在每次抓捕时都提议选择偷袭开局。接下来前往悬崖边更新剧情，在这里会碰到虚弱情形下的故勒顿，把背包中的三明治取出来给它喂食恢复体力。

接着前往平碟镇的学院，在路上要是听到叮铃铃的音效就代表周围有索财灵。距离越近声音越大，和索财灵进行互动之后可以得到硬币，集齐999枚硬币之后索财灵会进化。地图上红色精灵球标记的位置就是宝可梦中心，靠近之后就可以解开接着就会变成翅膀图标，之后就能够运用传送功能瞬间到达了。另外蓝色翅膀标记的位置是高塔，也是一种传送点。在每座高塔上都固定存在一只索财灵可以进行捕捉，不管是击败它还是捕捉它都能得到五十枚索财灵硬币奖励，算是特别重要的获取来源。在学院大门外会收到妮莫的挑战，在对战中妮莫会运用太晶化宝可梦，宝可梦在经过太晶化之后战力会得到提高。

单场战斗只能运用一次太晶化，接着就要到宝可梦中充能才能再次运用。太晶化的宝可梦拥有更加炫酷的外观，往往是战斗中的主要战力。除开初始三只宝可梦之外，其他宝可梦经过太晶化之后会得到不同的属性。例如之前是钢属性，太晶化之后也许变成草属性，具体信息可以在宝可梦图鉴中看到。和学院大厅中的NPC进行交谈就可以上课，和附近的PC进行互动能够在学院的各个区域实现快速传送。只要是带有感叹号的区域都能进行互动，可以触发独特事件或者更新剧情。完成学院事件能够提高和教师之间的好感度，好感度越高奖励越好。